Pastarajai didžiausią susirūpinimą kelia psichologinė atmosfera tarnyboje bei tarnybinės atsakomybės taikymas. Profsąjungos nuomone, pareigūnų tarnybiniai patikrinimai atliekami skubotai, tendencingai, neišsamiai ir neobjektyviai. Neatsižvelgiama į Valstybės sienos apsaugos tarnybos pareigūnų esmines tarnybinio nusižengimo padarymo faktines aplinkybes ir pareigūno kaltę konkrečioje situacijoje.
Pareigūnams taikoma tarnybinė atsakomybė už vienkartinius ir mažareikšmius nusižengimus, nesukėlusius jokių neigiamų pasekmių. Tai konstatavo ir Lietuvos vyriausiasis administracinis teismas byloje prieš Valstybės sienos apsaugos tarnybos prie vidaus reikalų ministerijos Vilniaus rinktinę.
Pasak profsąjungos teisininkės Neringos Narkeliūnaitės, pasitaiko ir tokių atvejų, kad pareigūnui padariusiam kelis nereikšmingus procedūrinius pažeidimus buvo paskirta viena iš pačių griežčiausių tarnybinių nuobaudų – pažeminimas pareigose. Profesinės sąjungos pastangomis, teismo sprendimu ši nuobauda pareigūnui buvo pakeista papeikimu.
Vilniaus miesto policijos darbuotojų profsąjunga ne kartą siūlė pareigūnų problemas spręsti ieškant kompromisų ir priimant teisingus bei teisėtus sprendimus. Tačiau Valstybės sienos apsaugos tarnybos Vilniaus rinktinės vadovybė ignoruoja profesinės sąjungos pastangas motyvuodama, kad visiškai pasitiki atsakingų pareigūnų kvalifikacija ir sugebėjimu tinkamai atlikti tarnybinius patikrinimus.
Profesinė sąjunga tikisi, kad vadovybė sugebės tinkamai įvertinti susiklosčiusią situaciją ir suvoks, jog profsąjungos tikslas nėra bet kokiomis priemonėmis apginti nusižengusį pareigūną, o užtikrinti teisingą ir teisėtą tarnybinės atsakomybės taikymą.